سال ۲۳۱۴ میلادی است، دو سال از شکست اینووادها و افشای جنایات A-Laws علیه بشریت می‌گذرد. A-Laws منحل شده و زیرساخت‌های آن‌ها به ارتش فدراسیون زمین ادغام شده است. با این حال، قرار گرفتن جهان در معرض ذرات GN باعث بیداری بسیاری از مردم به عنوان نوآوران واقعی شده است. موجودیت آسمانی به سایه‌ها بازگشته تا دوباره بسازد و به آرامش نوزادانه نظارت کند. اما یک پروب رها شده از یک اکتشاف به مشتری که ۱۳۰ سال پیش انجام شده بود، به زمین نزدیک می‌شود و بحران جدیدی را به همراه می‌آورد که تمام بشریت را تهدید می‌کند. در حالی که موجودیت آسمانی شروع به انجام آخرین مأموریت خود برای نجات بشریت از تهدیدی غیرقابل تصور می‌کند، گاندام مایستر ستسونا اف. سیئی در حال کشف هدف واقعی تکامل خود به عنوان یک نوآور است. طرح آئولیا شنبورگ به مرحله نهایی خود رسیده است...